学院发挥多学科交叉优势,初步形成涵盖水、地、气、生的"大环境"学科生态系统框架，包括：环境科学与工程（2003）、水利工程（2012）博士后流动站；环境科学与工程（2005）、水利工程（2011）一级学科博士点和省重点学科；水文地质学（2012，国家重点）、环境微生物与生态技术（2012，自设）二级学科博士点；生物学（2011）、大气科学（2016）一级学科硕士点。拥有生物地质与环境地质国家重点实验室（共享）、盆地水文过程与湿地生态恢复校级学术创新基地（C类）、地下水与环境湖北省国际合作示范基地等平台。
        设有水文与水资源工程（1998）、环境工程（1994）国家特色专业以及地下水科学与工程（2007）、生物科学（2003）、大气科学（2015）等专业。拥有地下水与环境湖北省实验教学示范中心，建设了菁英班、卓越工程师班和实验班等创新人才模式。